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| 1 | 杭州地区2009-2014年间人博卡病毒Ⅰ型的全基因组序列测定及遗传进化分析显示文摘目的调查杭州地区2009--2014年问人博卡病毒1型(humanbocavirus1,HBoV1)全基因组序列的遗传变异和分子进化特征。方法采集2009--2014年间浙江大学医学院附属儿童医院急性呼吸道感染患儿咽拭子标本,采用实时荧光PCR检测HBoV1,最终挑选15株病毒载量高的阳性样本进行全基因组扩增和测序。测序结果上传至GenBank,利用生物信息学软件分析序列。结果15株HBoV1病毒全基因组序列共检测到48个核苷酸突变,最终导致11个氨基酸变化,其中5个位点处于磷脂酶(PLA2)活性区。基于全基因组编码序列的进化分析表明HBoV1可以分为3个分支,本研究的15株病毒全部属于分支1,与瑞典代表株ST2属于同一簇。另外,进化树构建结果表明VP1/VP2基因可以替代全基因编码序列来构建HBoV1的进化树。HBoV1全基因组序列的进化速率为每年3.03×10-4(95%HPD,2.14×10-4~3.92×10-4)突变点/位点,对于单个基因,NS1的进化速率最慢,而NP1的进化速率最快。HBoV1四个基因的选择压力ω值部小于1,表明所有基因都处于纯化选择下,其中VP2的纯化选择压力最强,而NP1的纯化选择压力最弱。结论杭州地区2009—2014年间流行的HBoV1均属于ST2基因型,PLA2活性区变异率相对较高。全基因组序列虽然保守,但进化速率很快,其中NP1基因进化速率最快。4个基因均处于纯化选择压力下,其中VP2基因的纯化选择压力最强。 | 周银燕 李钧 于新芬 寇宇 钱昕 | 2015 | 中华微生物学和免疫学杂志2015，35，6： | 1 |
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