c-Jun binding site identification in K562 cells

查看全文 作　　者：Minli [1]Li;Qinyu [2]Ge;Wei [1]Wang;Jinke [1]Wang;Zuhong [1,2]Lu

机构地区：[1]state Key Laboratory of Bioelectronics, Southeast University, Nanjing 210096, China;[2]Key Laboratory of Child Development and Learning Science, Ministry of Education, Southeast University, Nanjing 210096, China

出　　处：《Journal of Genetics and Genomics》索引2011年第38卷第6期,共8页

基　　金：supported by the National Natural Science Foundation of China(Nos.30973375 and 30600152) 摘　　要：决定抄写因素的有约束力的地点为 transcriptional 规定的理解是重要的。抄写因素 c6 月戏在细胞生长,区别和开发的一个重要角色,而是有约束力的地点和目标基因清楚地没在整个人被定义染色体。在这研究,我们执行了一个 ChIP-Seq 实验在人的染色体识别 c6 月绑定地点。48 个有约束力的地点被选择由 dsDNA microarray 试金处理进一步的评估。我们在 K562 房间识别了 283 个 c6 月绑定地点。数据分析证明 48.8% 有约束力的地点在 100 以内定位了 kb 注解基因在上游, 28.6% 有约束力的地点包括了一致 TRE/CRE 主题(5-TGAC/GTCA-3, 5-TGACGTCA-3 ) 并且变体序列。42 从选择了地点被发现在 dsDNA microarray 分析绑 c6 月 homodimer 的 48 绑定。数据分析也证明 1569 基因在 dsDNA microarray 验证的 42 个有约束力的地点的邻居位于 283 个有约束力的地点和 191 基因的邻居。我们在以前的研究请教了 38 c6 月目标基因, 16 也在这研究在这 38 基因之中被检测。在染色体规模的 c6 月绑定地点和潜在的目标基因的鉴定可以在位于与 c6 月有关的抄写规定下面的分子的机制改进我们的基本理解。 关键词：K562细胞结合位点 DNA芯片人类基因组识别转录调控转录因子数据分析

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