Using nuclear gene data for plant phylogenetics: Progress and prospects II. Next-gen approaches

查看全文 作　　者：Elizabeth A. Zimmer Jun [1]Wen

机构地区：[1]Department of Botany, National Museum of Natural History, MRC-166, Smithsonian Institution, Washington DC 20013-7012, USA

出　　处：《Journal of Systematics and Evolution》索引2015年第53卷第5期,共9页

摘　　要：原子基因提供的单个、低的拷贝很多,并且更快演变,比叶绿体和原子 ribosomal 基因序列,那统治了的人物迄今为止种种系发生的研究。直到最近,仅仅或一些低拷贝原子基因标记在如此的研究被包括。现在, “next 产生 sequencing” 的快速的采纳(NGS ) 更简单、更便宜的技术提议存取到几百,并且不仅仅中的十个,编码并且 noncoding DNA 区域。在这评论,我们描述为存取原子基因可得到的最使用得通常的 NGS 方法并且讨论在最后二~三年里被出版了的许多 NGS 案例研究。这些途径包括整个染色体定序指向 microsatellites,定序的 transcriptome,定序的告知 Exon 的 Intron 十字路口(史诗) ,指向的丰富(或顺序俘获) ,定序的 RAD (RAD-Seq,包括 genotyping-by-sequencing 或 GBS ) ,并且掠过的染色体。我们也讨论一些对的挑战,并且摆姿势由, NGS 途径。 关键词：植物系统学基因数据全基因组测序展望基因序列核基因系统发育 EPIC

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