木荷基因组SSR位点开发及初步分析

查看全文 作　　者：[1]林艳;[1]何紫迪;[1]毛积鹏;[1]蒋开彬;[2]王金榜;[1]黄少伟

机构地区：[1]广东省森林植物种质资源创新与利用重点实验室/华南农业大学林学与风景园林院,广东广州510462;[2]英德市林业科学研究所,广东英德513055

出　　处：《热带作物学报》索引2018年第39卷第9期,共6页

基　　金：广东省林业科技创新专项'木荷良种选育与建园技术研究'(No.2013KJCX001-05) 摘　　要：为开发木荷分子标记,采用高通量测序技术获得木荷基因组原始数据,经生物信息学软件对木荷基因组序列进行序列拼接、组装和对比,共获得308 418条Contig序列和459 984条Scafford序列。采用MISA软件搜索木荷基因组序列中微卫星(Microsatellite)位点,共得到334 843个SSR序列,总长度5 074 708 bp,占木荷基因组大小的0.98%,木荷基因组SSR序列平均长度为15.2 bp,平均分布频率为644个/Mb。木荷SSR序列中,单核苷酸序列数量最多,共188 217个,占木荷SSR序列总数的56.21%,其次是二核苷酸(23%)>三核苷酸(13%)>四核苷酸(5%)>五核苷酸(2%)>六核苷酸(1%)。木荷全基因组SSR序列中共包括400种重复基元,其中单核苷酸重复基元A和二核苷酸重复基元AT是主要重复基元,分别占总SSR的56%和11%,SSR基元的重复次数分布在4~40次,主要分布在4~25次。本研究丰富了木荷分子标记类型,为进一步群体遗传结构和遗传多样性分析提供了基础数据。 关键词：木荷 SSR标记生物信息学基因组高通量

相关文献

参考文献（26）
引证文献（7）
耦合文献（709）

参考文献(26)

引证文献(7)

耦合文献(709)

互联网出版许可证新出网证(渝)字10号全国400电话 - 免长途话费

木荷基因组SSR位点开发及初步分析

参考文献(26)

引证文献(7)

耦合文献(709)

用户提示