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| 1 | 基于器官生物量构建植株形态的玉米虚拟模型显示文摘探讨了基于玉米器官生物量模拟其形态的方法 ,并应用 2 0 0 0年田间试验数据提取了玉米节间、叶鞘和叶片的形态构建参数。基于玉米虚拟模型生物量分配模块模拟的器官生物量积累和建立的形态构建方法与提取的参数 ,模拟了 2 0 0 1年玉米不同生长阶段的器官形态 ,模拟结果与田间试验数据吻合较好。应用本模型实现了玉米生长过程中植株各个器官形态变化以及植株高度、叶面积动态的模拟 ,并实现了植株形态的可视化。 | 宋有洪 郭焱 李保国 Philippe de Reffye | 2003 | 生态学报2003，23，12： | 57 |
| 2 | 基于植株拓扑结构的生物量分配的玉米虚拟模型显示文摘依据植物结构 -功能相互作用机理 ,建立了能模拟玉米生长发育与形态结构建成的虚拟模型。该模型的重要部分为基于植株拓扑结构的生物量分配模块。叙述了该模块的构建原理 ,以 2 0 0 0年田间试验数据提取了玉米的发育、生物量生产和生物量分配参数。模型模拟了 2 0 0 1年的玉米生长发育与生物量分配过程 ,模拟结果与田间试验结果比较吻合。应用该模型模拟了 2 0 0 | 宋有洪 郭焱 李保国 Philippe de Reffye | 2003 | 生态学报2003，23，11： | 50 |
| 3 | 玉米生长虚拟模型GREENLAB-Maize的评估显示文摘GREENLAB-Maize虚拟模型采用并行模拟植株功能与结构的机制来模拟玉米植株在不同环境条件(目前只考虑气象条件)下的生长。该模型逐时段模拟植株光合产量和光合产物向各个器官分配的数学公式的主要参数不能通过简单的方法确定,称为隐含参数,是通过将该模型与非线性最小二乘法结合,并以田间植株生长的测定值为目标文件而反求出的。本文首先对参数反求方法进行了改进,结果表明,以植株多个生长时段的测定数据为目标文件来反求参数值时,其变异系数明显比只用某一个时段的测定数据时低。从模型隐含参数的稳定性和模型模拟效果两方面对该模型进行了评估。对气象条件不同而其他条件相同的4组玉米试验、玉米不同生长阶段以及不同取样植株个体等情况下所反求的隐含参数值的稳定性统计分析表明,模型隐含参数值因气象条件、生长阶段以及植株个体差异而产生的差异均不显著,可以认为它们是植株生长内在的、稳定的参数。本文还对该模型的植株形态模拟模块进行了改进。模型较好地模拟了植株的生长状况,但还有必要对植株光合生产模块等进行改进。 | 马韫韬 郭焱 展志岗 李保国 Philippe de Reffye | 2006 | 作物学报2006，32，7： | 26 |
| 4 | 快速构造植物几何结构的子结构算法显示文摘顺序地模拟符合植物学生物特征的复杂树结构会占用很多计算机资源。为减少对计算机资源的占用 ,提出了一种从最简单的子结构起 ,通过子结构的引用来形成复杂结构的方法。由于在该方法中重复出现的结构只被计算一次 ,因此不仅可以提高复杂结构的计算速度 ,而且可以降低几何信息的存储量。该几何信息不仅包括所模拟植物在各个生长周期的结构 ,而且包括了每个子结构的具体形态。尽管这是一种自上而下的算法 ,但由于子结构方法能够实现弯曲枝条的模拟 ,并能产生重复生长的结构和花序结构 。 | 康孟珍 Philippe de Reffye 胡包钢 赵星 | 2004 | 中国图象图形学报(A辑)2004，9，1： | 19 |
| 5 | 基于GreenLab的油松结构-功能模型显示文摘植物结构-功能模型(Functional-structural models,FSMs)将结构模型与过程模型结合起来,用以描述环境机制驱动的植物生长,输出植物的三维结构。GreenLab是一个近年来不断发展着的基于源-汇关系的通用植物结构-功能模型,它多应用于农作物,在树木方面的应用还很少。该文以幼龄油松(Pinus tabulaeformis)为研究对象,首次将GreenLab模型应用到虚拟树木生长的研究中。采用破坏性取样,实测了9株油松幼树的形态结构、拓扑结构和器官生物量信息,根据拓扑编码体系组织数据。模型的直接参数是通过实测数据获得的,隐含参数是利用非线性最小二乘法拟合反求获得的。对模型的假设进行了验证,并对模型的模拟效果进行了评估,结果表明:节间总鲜质量、树木叶总鲜质量、节间鲜质量、节间长度观测值和模型模拟值建立的回归方程的决定系数在0.78~0.91之间,因此该模型较真实地反映了油松的结构和生长过程。提出的树木结构和生物量测量及编码方法,可作为针叶树建立结构-功能模型的参照。 | 国红 雷相东 Veronique Letort 陆元昌 Philippe de Reffye | 2009 | 植物生态学报2009，33，5： | 12 |
| 6 | 一种新的植物枝条弯曲生成算法显示文摘枝条弯曲模拟对于形象地绘制植物图形很重要 .从计算机图形学的角度出发 ,提出了一种计算枝条弯曲形状的简易力学模型 ,实现了基于“双尺度自动机模型”的枝条弯曲算法 .该算法虽然所需参数少 ,但能有效地生成自然逼真的枝条弯曲形状 ,并且能反映植物在生长中枝条的动态弯曲过程 . | 赵星 熊范纶 Philippe de Reffye | 2001 | 中国科学技术大学学报2001，31，6： | 9 |
| 7 | DeCASA in AgriVerse: Parallel Agriculture for Smart Villages in Metaverses显示文摘The demand for food is tremendously increasing with the growth of the world population,which necessitates the development of sustainable agriculture under the impact of various factors,such as climate change.To fulfill this challenge,we are developing Metaverses for agriculture,referred to as Agri Verse,under our Decentralized Complex Adaptive Systems in Agriculture(De CASA)project,which is a digital world of smart villages created alongside the development of Decentralized Sciences(De Sci)and Decentralized Autonomous Organizations(DAO)for Cyber-Physical-Social Systems(CPSSs).Additionally,we provide the architectures,operating modes and major applications of De CASA in AgriVerse.For achieving sustainable agriculture,a foundation model based on ACP theory and federated intelligence is envisaged.Finally,we discuss the challenges and opportunities. | Xiujuan Wang Mengzhen Kang Hequan Sun Philippe de Reffye Fei-Yue Wang | 2022 | IEEE/CAA Journal of Automatica Sinica2022，9，12： | 4 |
| 8 | Fast Construction of Plant Architectural Models Based on Substructure Decomposition显示文摘Plant structure, representing the physical link among different organs, includes many similar substructures. In this paper, a new method is presented to construct plant architectural models of most plant species. The plant structure is decomposed into a stem, a set of lateral substructures and a terminal substructure, which is called substructure decomposition; then based on substructure decomposition, the plant structures are expressed in an iterative way; and further the derivative formula is employed to compute the number of organs in plant structures to get the geometrical sizes of 3D plant organs by borrowing Hydraulic Model. Using 3D organs, a substructure library is built. Based on the substructures stored in substructure library, one can construct 3D plant structure according to certain topological and geometrical rules. The experiments with different plant species are included in this paper to demonstrate the validity of the new method for constructing plant structures. The experimental results show that the approach follows botanical knowledge with high efficiency in constructing plant structures of most plant species. In addition,this method enables users to check the detail information of plant structure. | 严红平 Philippe de Reffye 潘春洪 胡包钢 | 2003 | Journal of Computer Science & Technology2003，18，6： | 3 |
| 9 | 平行圆明园:从数字孪生园林到元宇宙智慧遗址公园显示文摘圆明园是一座历史上的皇家园林,它不仅在中国园林史上占有重要地位,也在世界上享有很高的声誉。圆明园蕴含的历史和文化价值,迫切需要通过一种全新的方式被国人广泛了解,被世界铭记。围绕坚持“保护第一、加强管理、挖掘价值、有效利用、让文物活起来”的工作方针,提出平行圆明园这一全新解决方案,为智慧圆明园的建设提供技术参考。平行圆明园是ACP理论在圆明园运营管理中的应用,通过描述智能构建虚拟圆明园,利用预测智能在虚拟圆明园中进行大规模的计算实验,通过引导智能和平行执行突破圆明园的地域边界,实现对圆明园的智能管理。虚拟世界的圆明园的发展和丰富,虚拟与现实世界的日益平行互动和融合,将带来新的圆明园运营模式。 | 康孟珍 邱文忠 陈自富 王猛 许沙沙 王秀娟 倪爱东 蒋玉洁 陈世超 DE REFFYE Philippe 王飞跃 | 2022 | 智能科学与技术学报2022，4，3： | 3 |
| 10 | 油菜分枝拓扑结构随机模拟显示文摘油菜(Brassica napus L.)具有复杂的分枝结构,其分枝为向顶式发生(出现)、向基式扩展,这种独特的生长模式使得油菜个体植株间的构型存在很大的差异.本研究利用与位置有关的生长延迟函数,计算各分枝从发生到扩展的时间间隔,来模拟油菜分枝这种独特的生长模式.此外,利用随机概率模型来模拟油菜植株间分枝数、主干和分枝的叶元数等.通过实际测量的四个油菜品种(ZY18, ZY50, ZS72和ZS11)的数据,采用最小二乘法对该模型的参数进行校准.结果表明,该随机模型能够模拟油菜植株拓扑结构,并根据参数估计的结果分析不同品种的拓扑结构差异性.本研究提出了新的简化方法模拟油菜分枝的生长模式,该模型可与油菜生长模型相结合,从而模拟油菜的动态生长过程. | 王秀娟 李冬 林宝刚 华净 康孟珍 张冬青 de Reffye Philippe 王飞跃 | 2019 | 中国科学:生命科学2019，49，1： | 2 |
| 11 | Calibration of a hydraulic architecture-based growth model of cotton plants显示文摘 | Philippe de Reffye Blaise F | 1999 | Agronomie1999，19，1999： | 1 |
| 12 | Plant Models Faithful to Botanical Structure and Development显示文摘 | Philippe De Reffye | 1988 | SIGGRAPH1988，22，4： | 1 |
| 13 | Plant models faithful to botanical structure and development显示文摘 | de Reffye Philippe Edelin C Franeon J | 1988 | Computer Graphics1988，22，4： | 1 |
| 14 | Simulation of the topological development of youngeucalyptus using a stochastic model and samplingmeasurement strategy 显示文摘 | Diao Jun Philippe De Reffye Lei Xiangdong | 2012 | Computers and Electronics inAgriculture2012，80，： | 1 |
| 15 | Variability and regulation of the number of ovules, seeds and pods according to assimilate availability in winter oilseed rape ( Brassica napus L.)显示文摘 | Xiujuan Wang Amélie Mathieu Paul-Henry Cournède Jean-Michel Allirand Alexandra Jullien Philippe de Reffye Bao Gui Zhang | 2011 | Field Crops Research2011，，1： | 1 |
| 16 | What are the differences in yield formation among two cucumber (Cucumis sativus L.) cultivars and their F1 hybrid?显示文摘To elucidate the mechanisms underlying the differences in yield formation among two parents(P1 and P2) and their F1 hybrid of cucumber, biomass production and whole source–sink dynamics were analyzed using a functional–structural plant model(FSPM) that simulates both the number and size of individual organs. Observations of plant development and organ biomass were recorded throughout the growth periods of the plants. The GreenLab Model was used to analyze the differences in fruit setting, organ expansion, biomass production and biomass allocation. The source–sink parameters were estimated from the experimental measurements. Moreover, a particle swarm optimization algorithm(PSO) was applied to analyze whether the fruit setting is related to the source–sink ratio. The results showed that the internal source–sink ratio increased in the vegetative stage and reached a peak until the first fruit setting. The high yield of hybrid F1 is the compound result of both fruit setting and the internal source–sink ratio. The optimization results also revealed that the incremental changes in fruit weight result from the increases in sink strength and proportion of plant biomass allocation for fruits. The model-aided analysis revealed that heterosis is a result of a delicate compromise between fruit setting and fruit sink strength. The organlevel model may provide a computational approach to define the target of breeding by combination with a genetic model. | WANG Xiu-juan KANG Meng-zhen FAN Xing-rong YANG Li-li ZHANG Bao-gui HUANG San-wen Philippe DE REFFYE WANG Fei-yue | 2020 | Journal of Integrative Agriculture2020，19，7： | 1 |
| 17 | 从群体到个体尺度——基于数据的DSSAT和GreenLab作物模型连接探索显示文摘作物模型的研究涉及作物生长发育的复杂过程,空间上从分子到细胞、组织、器官、个体、群体等不同尺度,时间尺度上可以从秒到年。基于不同的研究需求,切换作物模型尺度,可使得作物模型的适用性更广泛灵活。其中,如何从群体尺度的作物模型转入个体尺度的作物模型是本研究的内容。本研究基于四个玉米品种的两个处理(灌溉和雨养)的已有的实验数据和基于这些数据的DSSAT系统的模拟数据,校准功能结构模型GreenLab的参数,以计算结果一致为指标,探索不同空间尺度模型建立接口的方法,比较不同模型的特点。结果表明,GreenLab模型可以复现DSSAT系统的模拟数据和实际测量数据,进一步可以反演出各种器官之间生物量的分配并进行三维可视化展示。最后讨论了不同空间尺度模型结合的优势及应用领域。 | 王秀娟 康孟珍 华净 Philippe DE REFFYE | 2021 | 智慧农业(中英文)2021，3，2： | 1 |
| 18 | Optimization of source–sink dynamics in plant growth for ideotype breeding: A case study on maize显示文摘 | Rui Qi Yuntao Ma Baogang Hu Philippe de Reffye Paul-Henry Cournède | 2010 | Computers and Electronics in Agriculture2010，，1： | 1 |
| 19 | Maternal environment and seed size are important for successful germination and seedling establishment of Pterocarpus erinaceus (Fabaceae)显示文摘Seed size and the growth environment are important variables that influence seed germination, growth and biomass of seedlings and future tree harvest and should thus be taken into account in agroforestry and reforestation programmes for endangered species like Pterocarpus erinaceus. In the present study, to assess seedling germination and vigour in P. erinaceus as a function of seed size in two environments, 1080 seeds and 360 seedlings were evaluated at two separate sites in Côte d'Ivoire. The results show that large seeds had very high germination rates (up to 100%) and produced more vigorous plants better able to adapt to climate change. The maternal environment and seed size had a significant influence on seed germination (P < 0.05) and seedling development (P < 0.05) and biomass (P < 0.05). Seedlings were most successful at the site with a humid tropical climate (Daloa). Seedling leaves had the same resistance regardless of seed size and study site, but leaf moisture content was more stable in seedlings grown from medium and small seeds. These results will help guide conservation strategies for the species and are key factors for rural populations, loggers, and forest management structures for the silviculture of this species. | Beda Innocent Adji Doffou Sélastique Akaffou Philippe De Reffye Sylvie Sabatier | 2022 | Journal of Forestry Research2022，33，3： | 0 |
| 20 | GreenLab模型20余年研究回顾与展望显示文摘【有关概念】GreenLab是器官尺度的植物功能结构模型(Functional-Structural Plant Model,FSPM),采用离散动态系统的形式来描述植物的生长和发育过程,包括植物生物量产生和分配,以及结构形成等,是融合植物学、数学、农业、计算机、自动化领域学科知识的通用模型。【目前研究现状】自1998年以来,基于中法合作,围绕GreenLab模型发展了包括双尺度自动机理论、分枝结构植物的参数反求方法、随机的植物功能结构模型以及理论计算、植物快速建模与可视化算法,开发了SciLab以及MatLab环境下的作物生长模拟与拟合软件,以及基于c++的面向复杂植物计算的软件。目前,GreenLab模型已应用于玉米、小麦、黄瓜、番茄、油菜、菊花、松树、枫树等具有不同特点的几十种植物,涵盖的植物类型从草本作物到复杂的树木。模型特色在于可通过观测植物的器官生物量和数量等数据,反求影响生物量产生和分配的模型内部源库参数;对于单枝或分枝结构、确定性或随机性结构,均能采用通用的器官尺度的数据进行模型校准。【本文的内容概括】本文回顾GreenLab模型的发展历程及其最新进展,介绍模型的基本概念和主要方法,包括双尺度自动机、器官序列,以及通用的植物拟合目标。详细介绍了GreenLab模型中所包含的结构模型(器官数量的计算、器官产生的随机性模拟等)、功能模型(植物和器官需求、生物量产生和分配、器官生长等),以及二者相结合进行参数反求的计算方法。【展望】随着植物表型技术的成熟和普及,GreenLab模型可用于平行农业种植系统的构建,服务植物与环境关系的深入理解,以及生产管理与控制中的智能决策支持。 | 康孟珍 王秀娟 华净 胡包钢 王飞跃 De Reffye Philippe | 2021 | 农业大数据学报2021，3，3： | 0 |
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